創建は不明だが延喜式には「飛鳥坐神社四座 並名神大 月次 新嘗 相嘗」の制に預かるとされ、重要な扱いを受けていた神社である。神託により829年3月10日現在の地に遷座されたことが「日本紀略」に記されている。毎年2月の第一日曜日には奇祭「おんだ祭り」が行われ五穀豊穣・子孫繁栄を祈願する参詣者でにぎわう。
「おんだ祭り」は西日本三大奇祭の一つにあげられ、神事の前後には天狗、お多福、翁、牛がささらで参拝者のお尻を叩き周り、奉納神事では田植えの所作、結婚式、夫婦和合の儀式など参詣者の笑いを誘う所作や有名である。
また折口信夫は飛鳥坐神社宮司の飛鳥家縁の国文学者で、歌人 釈迢空の名で詠んだ 「ほすすきに 夕ぐもひくき 明日香のや わがふるさとは 灯をともしけり」の歌碑が境内に置かれている。
奈良県高市郡明日香村大字飛鳥字神奈備708